Rada Naukowa Międzyuczelnianego Centrum Badań Witrażowych jest organem opiniodawczo-doradczym.

Do zadań Rady Naukowej należy w szczególności:

• opiniowanie rocznych planów działania Centrum, programów prac badawczych i innych inicjatyw podejmowanych przez Centrum;

• opiniowanie rocznego sprawozdania Kierownika Centrum oraz sprawozdania na zakończenie kadencji;

• rozpatrywanie i przyjmowanie sprawozdania finansowego Centrum.

Rada Naukowa składa się z nie więcej niż 7 członków powoływanych przez Rektora UJ. W jej skład obecnie (kadencja 2020-2024) wchodzą:

• dr hab. Jarosław Adamowicz, prof. ASP - Dziekan Wydziału Konserwacji i Restauracji Sztuki ASP;

• prof. dr hab. Stanisław Sroka - Dziekan Wydziału Historycznego UJ;

• prof. Grażyna Korpal – Wydział Konserwacji i Restauracji Dzieł Sztuki ASP;

• dr hab. Andrzej Betlej, prof. UJ – Dyrektor Zamku Królewskiego na Wawelu; Instytut Historii Sztuki UJ;

• dr hab. Marek Walczak, prof. UJ – Dyrektor Instytutu Historii Sztuki UJ;

• prof. Sarah Brown – Uniwersytet w Yorku, Dyrektor York Glaziers Trust;

• prof. dr Joost Caen – Instytut Dziedzictwa, Uniwersytet w Antwerpii.